На 1 януари 1904 г. Карел и Херменгилд Шкорпил, учители в Мъжката гимназия „Княз Борис I“ в Русе, създават Регионалният исторически музей, пише в архивите на БТА.
Първоначално той функционира като музейна сбирка към гимназията.
Карел Шкорпил пръв събира материали от римската крепост Сексагинта Приста и от Русенската селищна могила. Васил Ковачев и Юрий Шумлянски подреждат сбирката по естествена история в гимназията. През 1904 г. сбирките са обявени за музей.
През 1937 г. прераства в Градски музей. От 1949 г. е Държавен музей, а от 1952 г. – Окръжен исторически музей.
С Постановление 153 на Министерския съвет от 28 юли 2000 г. музеят е преобразуван в Регионален исторически музей с обхват на дейност на територията на областите Русе, Разград и Силистра.