Той представя рибното разнообразие на река Дунав и на вливащите се в нея реки. Чигите и руската есетра например са обитават аквариум, показващ потънала римска сграда, с римска крепостна стена, амфори и мраморна глава от статуя. Белите риби пък са настанени в резервоар, който напомня дъното на река Дунав с множество преплетени коренища.
Освен тях, в аквариума живеят 12 вида риби, сред които сом, скобар, морунаж, див шаран, червеноперка, бабушка, платика и каракуда. Общият обем на аквариума е 65 000 литра. Той е разделен на шест отделни резервоара.
В Екомузея е създаден и терариум, който пресъздава блатна екосистема с водна площ и естествени растения, характерни за влажните зони.
В него живеят червенобузи костенурки, които са предоставени за отглеждане от хора, които не искат или нямат възможност да се грижат вече за тях като домашни любимци.
„Тъй като червенобузите костенурки не са типични за нашите географски ширини, за тях и за природата е по-добре да не бъдат пускани на свобода. Всеки, който има червенобуза костенурка и няма възможност да я отглежда повече, може да я остави в музея. А друг, който желае – да я осинови“, обясняват от културната институция.
