Полет MS804 излетял в 23.09 часа с 59 пътници на борда, сред които 3 деца и десетчленен екипаж. Той навлязъл на 16 км. в египетското въздушно пространство, когато внезапно изчезнал от радарите. Пътниците на самолета са били египетци, британци, французи, саудитец и иракчанин.
По някои данни до загубата на връзка екипажът изчезналия над Средиземно море самолет на авиокомпания Egypt Air е съобщил за задимяване в пилотската кабина.
Самолетът „Еърбъс“ А320 е бил в експлоатация от 2003 година. Командирът на самолета, 36-годишният Мохамед Шакир, е имал 6275 летателни часове, от които 2101 на А320. Вторият пилот е с 2766 летателни часа.
